清籁岛的雷神瞳机关主要分布在沉船清籁丸及周边区域，解谜核心围绕船头、船尾两部分展开。船头部分需先破解甲板上的四个罗盘机关，将指针调整为两两相对形成长方形即可解锁宝箱。随后在船头尾部获取雷种子，穿过雷结界进入船船舱，跟随仙灵探索可获得锈蚀钥匙并解锁后续房间。船船舱内需完成翻牌连连看解谜，通过点亮相同符号地砖打开通道，最终在裂缝宝箱中获取完整钥匙开启仓门。
船尾解谜需从清籁岛裂口或海岸雷属性碎石堆覆盖的洞口进入，优先清理愚人众与海乱鬼。核心机关需要集齐三块继电石：第一块通过雷传送门对准左下方击碎碎石堆获取；第二、三块需携带雷种子进入结界取得。摆放继电石时需确保电流连接放电石与聚电石，成功后下层闸门开启可进入山洞击败敌人。此处雷灵激活的雷印枝条可协助获取高空雷神瞳，完成解谜还能解锁隐藏成就戴维-琼斯的箱子。
清籁丸共有四个雷神瞳：第一个位于桅杆顶部，需借助船南侧雷种子通过雷极飞升获取；第二个在船船舱第一层入口左侧；第三个位于出口楼梯处；最后一个悬浮在空中，必须利用雷种子升至高处才能触及。其中桅杆雷神瞳需注意雷种子持续时间，建议使用身高优势角色如钟离或温迪提高容错率。船船舱内的雷神瞳与仙灵引导路径强关联，需严格按解谜顺序推进。
天云峠区域的雷神瞳获取涉及相位之门与雷极系统。部分神瞳需调整传送门角度进行长距离移动，或在雷音权现平台利用雷种子升至浮空岛。若雷结界阻挡，需在周边寻找雷种子激活点。清籁旧宝任务关联的雷神瞳需完成藤原俊子的地板符号解谜，按1→2→3顺序踩踏图案后进入地下室获取。神社附近被假石遮挡的雷神瞳需用火属性角色破坏障碍物。
整体解谜需注意三大机制：雷种子持续时间约15秒，建议提前规划路线；继电石摆放允许悬空连接，可开启元素视野确认电流路径；翻牌连连看存在船船舱两层，第二层为8格需优先点亮对角符号。若卡关可重复触发机关重置，部分区域需完成世界任务清籁逐雷记才能解除雷暴干扰。探索过程中建议携带万叶、散兵等空中机动角色应对高空神瞳收集。
