正确掌握船只的操作与获取方式至关重要，游戏内存在通过浪船锚点召唤的通用浪船，以及如珠钿舫这样的特定场景船只，需使用不同方法登船进行操作。通用的航海载具浪船需要旅行者首先解锁散布于各海岸与岛屿的浪船锚点，与之交互后即可召唤浪船停泊在附近水面。而对于一些特定的船只，例如璃月港外的画舫珠钿舫，或是南十字船队的海船，则可能需要借助滑翔、攀爬或与特定NPC对话等非标准方式才能初次登临。理解并区分这些船只的交互机制，是利用它们在海上航行的基础。
启动并驾驶浪船涉及一系列明确的交互操作。当旅行者接近已召唤至水面的浪船时，点击驾驶浪船互动按钮即可进入船舱，开始航行。驾驶的操作界面清晰直观：玩家主要使用屏幕左下角的虚拟摇杆或方向键来控制船只的行进方向。屏幕右下角则集成了几个关键功能按钮，通常包括普通攻击或炮弹发射按键、用于短时间爆发加速的提速按键，以及用于离开载具的离开按键。加速航行会持续消耗船只内置的体力条，当体力耗尽时，船只的移动速度将显著下降，合理规划加速节奏或适时靠岸是高效航行的策略之一。
航行过程中的一些进阶技巧与注意事项能有效提升航海体验。浪船的体力机制允许旅行者通过一个简单操作快速恢复，即在体力耗尽时选择离开浪船，然后立即再次驾驶，此时浪船的体力便会恢复满值，从而可以继续进行加速航行。当航行抵达目的地或需要下船探索时，需向靠近岸边的方向停稳船只，然后长按跳跃键约1.5秒，角色便会从船上跳出。特别需应尽量避免在远离陆地的深海区域直接下船，以免因游泳体力不足而无法安全返回陆地。在初次探索如被雷暴环绕的清籁岛等特殊海域时，若遇到无形屏障阻挡，则需检查自身冒险等阶是否达标并完成必要的前置任务。
船只的核心功能是连接与探索海上区域、获取资源及完成特定任务。驾驶船只能够显著加快穿越水域的速度，比游泳更为高效，是抵达许多海上岛屿与隐藏地点的必备交通工具。在航行过程中，旅行者有机会发现并获取漂浮于海面上的宝箱，或是触发局限于水域的特殊世界任务。部分鱼类资源仅分布于深海区域，驾驶浪船前往相应地点进行垂钓是获取它们的高效方式。清籁岛区域的探索在很大程度上依赖于浪船，其周边海域不仅藏有丰富的探索要素，其沉船内部也设计了包含解谜与战斗的探索内容。
游戏中还存在特殊的快捷传送机制简化往返某些固定船只的流程。以珠钿舫为例，在玩家首次通过滑翔等艰难方式成功登船并完成相关任务后，后续再次前往便会便捷许多。玩家可以回到璃月港海边，找到名为平海的船夫NPC并与之对话，选择对话中的第一个选项，即可直接传送至画舫之上，这省去了重复飞行或渡海的繁琐过程。这类设计平衡初次探索的挑战性与后续访问的便利性。
