技能学习系统分为多个途径，包括等级提升、技能机器（TM）、秘传机（HM）、特殊事件教学以及游戏厅兑换等。超能力系精灵如梦幻、胡地、沙奈朵等可通过精神干扰等高威力技能形成战斗优势，而本系技能如火系的暴烈燃烧、水系的高压水炮、草系的硬化植物等则能发挥属性加成效果。
通过升级自然习得的技能往往与精灵属性高度契合，例如凯西在16级进化为勇吉拉后，会逐步掌握精神强念、念力等超能力系招式。技能机器则提供了跨属性学习的可能性，如TM29精神干扰可让特定超能系精灵习得强力特攻技能，TM01气合拳则适合格斗系精灵补充打击面。游戏厅兑换的技能机器如影子球（TM30）、钢铁尾巴（TM23）等需消耗代币获取。
秘传机在探索中扮演重要角色，HM01一字斩由圣安奴号船长赠送，用于清除路障；HM03冲浪术在野生原野区深处获得，兼具战斗与移动功能；HM05闪光术由地鼠洞穴内的博士助手提供，用于照亮黑暗区域。这些技能多数需要道馆徽章作为使用许可，部分秘传机如潜水虽存在数据但需通过特殊方式激活。
特殊技能如变身、愿望、心灵互换等具有战术价值，它们通常通过特定NPC传授或隐藏事件触发。尼比市道馆战后获得的TM06剧毒能施加持续伤害，彩虹市百货公司可购得多种属性强化道具。状态类技能如催眠粉、麻痹粉需通过捕捉特定精灵（如绿毛虫进化链）或等级提升习得，在捕获野生精灵时尤为实用。
技能搭配需考虑属性克制与队伍平衡，攻击类技能应覆盖尽可能多的克制面，同时保留恢复或防御类技能应对持久战。超能力系技能普遍存在命中率问题，可搭配光墙或反射壁提升生存能力。部分技能如破坏光（TM15）虽威力巨大但有副作用，需谨慎选择使用时机。
